有关咖啡的来源众说纷纭，但主要有“牧羊人的故事”和“阿拉伯僧侣的传说”两种。但一般都相信根据罗马的语言学家罗士德·奈伊先生的记载：咖啡豆起源于约公元 6 世纪的衣索比亚。据说是一千多年前一位牧羊人发现羊吃了一种植物后，变得非常兴奋活泼，因此发现了咖啡。也有说法是由于一场野火，烧毁了一片咖啡林，烧烤咖啡的香味引起周围居民的注意。人民最初咀嚼这种植物果实以提神，后来烘烤磨碎掺入面粉做成面包，作为勇士的食物，以提高作战的勇气。
直到11世纪左右，人们才开始用水煮咖啡做为饮料。13世纪时，埃塞俄比亚军队入侵也门，将咖啡带到了阿拉伯世界。因为伊斯兰教义禁止教徒饮酒，有的宗教界人士认为这种饮料刺激神经，违反教义，曾一度禁止并关闭咖啡店，但埃及苏丹认为咖啡不违反教义，因而解禁，咖啡饮料迅速在阿拉伯地区流行开来。咖啡 Coffee 这个词，就是来源于阿拉伯语 Qahwa，意思是“植物饮料”，后来传到土耳其，变为 Kahve，成为欧洲语言中这个词的来源。咖啡种植，制作的方法也被阿拉伯人不断地改进逐渐完善。
但在西元15世纪以前，咖啡长期被阿拉伯世界所垄断，仅在回教国家间流传；当时主要被使用在医学和宗教上，回教医生和僧侣们承认咖啡具有提神、醒脑、健胃、强身、止血等功效。直到16、17世纪，透过威尼斯商人和海上霸权荷兰人的买卖辗转将咖啡传入欧洲，很快地，这种充满东方神秘色彩、口感馥郁香气迷魅的黑色饮料受到贵族仕绅阶级的争相竞逐，咖啡的身价也跟着水涨船高，甚至产生了“黑色金子”的称号，并且在接下来风起云涌的大航海时代，藉由海运的传播，全世界都被纳入了咖啡的生产和消费版图中。
1570年，土耳其军队围攻维也纳，失败撤退时，有人在土耳其军队的营房中发现一口袋黑色的种子，谁也不知道是什么东西。一个曾在土耳其生活过的波兰人，拿走了这袋咖啡，在维也纳开了第一家咖啡店。16世纪末，咖啡以“伊斯兰酒”的名义通过意大利开始大规模传入欧洲。
最初有的天主教宗教人士认为咖啡是“魔鬼饮料”，怂恿当时教皇克莱门八世禁止这种饮料，但教皇品尝后认为可以饮用，并于1600年为咖啡举行洗礼，因此咖啡在欧洲逐步普及。 17世纪咖啡的种植和生产一直为阿拉伯人所垄断，在欧洲价值不菲，只有欧洲上层人物才能饮用咖啡。直到1690年，一位荷兰船长航行到也门，得到几棵咖啡苗，开始在荷属印度(现在的印度尼西亚)种植成功。1727年荷属圭亚那的一位外交官的妻子，将几粒咖啡种子送给一位驻巴西的西班牙人，他在巴西试种取得很好的效果。巴西的气候非常适宜咖啡生长，从此咖啡在南美洲迅速蔓延。因大量生产而价格下降的咖啡开始成为欧洲人的重要饮料。于是咖啡也随着欧洲文明传遍世界各地。