哈佛大学一九八一年发表研究报告指出，大量喝咖啡可能导致胰脏癌。这使爱喝咖啡者大感扫兴。可是，其后至少有七项重要的研究都未能证实这一点，因此五年后，研究人员撤销了这个结论。同样耸人听闻的是咖啡可能引致良性的纤维囊性乳房病和乳癌。咖啡因可能导致纤维囊性乳房病之说虽甚嚣张，却从没有任何设计周全的研究会证实二者的关联。
有好几项研究，包括哈佛大学正在对十二万一千七百名护士做的一项长期研究，都未能证明喝咖啡与乳癌的关系。值得注意的是，接受研究的护士中，反而喝咖啡的比不喝咖啡的少患乳癌。波士顿大学的研究人员曾研究五千一百三十八名癌症患者，结果发现，大量喝咖啡似乎能降低得结肠癌或直肠癌的风险，资料显示，每天至少喝五杯咖啡的人患结肠癌的机率，较不喝咖啡的人低百分之四十。
最早被怀疑与咖啡有关的癌是膀胱癌。其实，抽烟已知能引致结肠癌，显然才是真凶。耶鲁大学的研究人员分析了三十五项研究之后，一九九三年得出结论：经常喝咖啡不是"临床重要的"膀胱癌风险因素。可是其后不久，另一项研究指出，不抽烟而喝咖啡多的人容易患膀胱癌。两种说法的支持者至今仍争论不休。